可視化ソフトウェア の導入と連携(2)

可視化ソフトウェアの環境整備にあたって、なるべく自動化をはかる。
Homebrewから、scienceレポジトリがアーカイブ化されたばかりで
最新情報は少ない。brewsci/scienceレポジトリに収録されているGUIの導入を試みる。

Jmol、Gabedit、Moldenの３種、コンバータとしてopenbabelの存在確認したが、いずれもターミナルから実行するものなのでbrew cask で管理されない。Avogadro 2は、brew caskからインストール可能で、これらに比較するとずっとカジュアルだ。
なお、moldenはバイナリインストールとソース・ビルドは失敗し、openbabelとgabeditはうまくいった。

• Jmol 14.x のインストール（Homebrewレポジトリの有効化、brew cask からの JDK導入→jmol）

brew tap brewsci/science 

brew install adoptopenjdk

brew install jmol 

• openbabel 3.x のインストール

brew install open-babel

• Gabedit 2.5.x のインストール

brew install gabedit 

• wxMacmolplt 7.x のインストール

brew install wxmacmolplt 

Homebrewだけでは対応が難しいので、GAMESSのために、wxMacMolPlt、Moldenの手動インストールをしておく。論文用にたえうる解像度のファイル作成のためには、GaussViewを加えてこの３種があればなんとかなるだろう。

• wxMacMolPlt のインストール → homebrew でのインストールが可能になった

1. http://brettbode.github.io/wxmacmolplt/
2. 64bit または 32bitバイナリを選択 (Mojaveまでは、32bitが利用可能）

• Molden のインストール → molden 5.7 は homebrew (brewsci/scienceレポジトリ) でのインストールに対応

1. https://www3.cmbi.umcn.nl/molden/  https://www.theochem.ru.nl/molden/ 
2. molden5.9 の tar ballを入手 (FTPから入ると、最新の6.2のソース、6.1のMacOSX_fullバイナリが入手可能）
3. 解凍して任意の場所へ移動、PATHに追加

Mojave時代の計算化学環境

2019年も終わりに近づき、32bitネイティブアプリが使える最後の世代の
Mojaveが安定してきたところでの記事更新。MacBook Proを更新しました。

OSXの変遷は Lion → Snow Leopard → El Capitan → Mojave
MacBook Proは４台目、こっそりMac miniも更新しています。

環境構築は、homebrew cask 一択になりつつも、
開発環境は定まりません。すっかり文房具になってしまいました。

MacBook Pro (13-inch, Late2011)

CPU: 2.4GHz Core i5

Memory: 8GB

↓

MacBook Pro (13-inch, Mid2012)

CPU: 2.5GHz Core i5

Memory: 16GB (upgraded)

↓
MacBook Pro (Retina, 13-inch, Early2015)
CPU: 3.1 GHz Intel Core i7
Memory: 16GB DDR3
↓
MacBook Pro (13-inch, 2019, Four Thunderbolt 3 ports)
CPU: 2.8 GHz Intel Core i7
Memory: 16GB 2133 MHz LPDDR3