可視化ソフトウェア の導入と連携(2)

可視化ソフトウェアの環境整備にあたって、なるべく自動化をはかる。
Homebrewから、scienceレポジトリがアーカイブ化されたばかりで
最新情報は少ない。brewsci/scienceレポジトリに収録されているGUIの導入を試みる。

Jmol、Gabedit、Moldenの３種、コンバータとしてopenbabelの存在確認したが、いずれもターミナルから実行するものなのでbrew cask で管理されない。Avogadro 2は、brew caskからインストール可能で、これらに比較するとずっとカジュアルだ。
なお、moldenはバイナリインストールとソース・ビルドは失敗し、openbabelとgabeditはうまくいった。

• Jmol 14.x のインストール（Homebrewレポジトリの有効化、brew cask からの JDK導入→jmol）

brew tap brewsci/science 

brew install adoptopenjdk

brew install jmol 

• openbabel 3.x のインストール

brew install open-babel

• Gabedit 2.5.x のインストール

brew install gabedit 

• wxMacmolplt 7.x のインストール

brew install wxmacmolplt 

Homebrewだけでは対応が難しいので、GAMESSのために、wxMacMolPlt、Moldenの手動インストールをしておく。論文用にたえうる解像度のファイル作成のためには、GaussViewを加えてこの３種があればなんとかなるだろう。

• wxMacMolPlt のインストール → homebrew でのインストールが可能になった

1. http://brettbode.github.io/wxmacmolplt/
2. 64bit または 32bitバイナリを選択 (Mojaveまでは、32bitが利用可能）

• Molden のインストール → molden 5.7 は homebrew (brewsci/scienceレポジトリ) でのインストールに対応

1. https://www3.cmbi.umcn.nl/molden/  https://www.theochem.ru.nl/molden/ 
2. molden5.9 の tar ballを入手 (FTPから入ると、最新の6.2のソース、6.1のMacOSX_fullバイナリが入手可能）
3. 解凍して任意の場所へ移動、PATHに追加