可視化ソフトウェア の導入と連携(2)

可視化ソフトウェアの環境整備にあたって、なるべく自動化をはかる。
Homebrewから、scienceレポジトリがアーカイブ化されたばかりで
最新情報は少ない。brewsci/scienceレポジトリに収録されているGUIの導入を試みる。

Jmol、Gabedit、Moldenの３種、コンバータとしてopenbabelの存在確認したが、いずれもターミナルから実行するものなのでbrew cask で管理されない。Avogadro 2は、brew caskからインストール可能で、これらに比較するとずっとカジュアルだ。
なお、moldenはバイナリインストールとソース・ビルドは失敗し、openbabelとgabeditはうまくいった。

• Jmol 14.x のインストール（Homebrewレポジトリの有効化、brew cask からの JDK導入→jmol）

brew tap brewsci/science 

brew install openjdk

brew install jmol 

• openbabel 3.x のインストール

brew install open-babel

• Gabedit 2.5.x のインストール

brew install gabedit 

• wxMacmolplt 7.x のインストール

brew install wxmacmolplt 

Homebrewだけでは対応が難しいので、GAMESSのために、wxMacMolPlt、Moldenの手動インストールをしておく。論文用にたえうる解像度のファイル作成のためには、GaussViewを加えてこの３種があればなんとかなるだろう。

• wxMacMolPlt のインストール → homebrew でのインストールが可能になった

1. http://brettbode.github.io/wxmacmolplt/
2. 64bit または 32bitバイナリを選択 (Mojaveまでは、32bitが利用可能）

• Molden のインストール → molden 5.7 (stable) は homebrew (brewsci/scienceレポジトリ) が対応しているが、最新版のインストールは以下の手順で

1. https://www3.cmbi.umcn.nl/molden/  https://www.theochem.ru.nl/molden/ 
2. molden6.9 の tar ballを入手 (FTP https://ftp.science.ru.nl/Molden/ から入ると、7.xのソース、7.xのMacOSX_fullバイナリが入手可能）
3. 任意の場所で回答し、PATHに追加

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