2011/11/28

Windows実機とのキーボード・マウス共用

Windowsの実機を並べて作業する際、
共存のためにディスプレイ・キーボード切替機（KVM）が便利である。

Lionのディスプレイ出力には、thunderboltとHDMIが並んでいるという時代なのに
手元にあるVGAポートしか持たない切替機を通すのは、さすがに気が引ける。
（4ポート DVI接続の切替機は、実勢価格25,000円ほどで購入できる）

Tigerでは、synergyをソースからコンパイルし
LAN経由でキーボード・マウス共有をしていた。
が、Lionでは（MacPorts環境下での）コンパイルに失敗するらしい。
（参考: http://d.hatena.ne.jp/simabuki/20110819/1313730526）

そこで後継のSynergyKMをインストールして、机上の省スペース化を目指す。
http://sourceforge.net/projects/synergykm/ から
SynergyKM-1.0b7-Installer.dmg （2.4 MB）をダウンロード。
RequirementにLionは含まれていなかったが、気にせずインストーラを実行。
"Install Synergy for all users"を選択すると、「システム環境設定」の
その他の項目に表示される。LaunchPadには表示されない。
サーバーとして実行するので、screen nameにmac miniのコンピュータ名を入力、
隣に置いたwindowsノートのコンピュータ名も入力。

windowsクライアントには、QSynergy
http://www.volker-lanz.de/software/qsynergy というGUIがオススメ。
また、mac用キーボードからの日本語入力への切り替え(Ctrl + Space)のために、
CmdSpace　http://www.h5.dion.ne.jp/~pollux/
を使用している。
投稿者 kimi 時刻: 9:55 0 コメント
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2011/11/25

Tex環境（とgnuplot）

ポストプロセスでデータ分析が終わったら、
そのままTexのTableに落としたいことがある。

できることなら、
そのままシームレスに論文執筆ができればありがたいので
Tex環境は、gnuplotなど可視化ソフトウェアと同じウェイトを占める。

1. Texの導入
Lion用のTexは、MacTex-2011というパッケージで配布されているので
から、MacTeX.mpkg.zip をダウンロード（1.85GB、執筆時の最新バージョンは30 July 2011版）。

インストールすると、本体は/usr/local/texlive に
ghostscript関係は /usr/local/bin に展開される。
/Application/Tex に関連アプリケーションがインストールされ
Launchpad からも起動できるが、
統合環境であるTexShopのバージョンはやや古い2.43である。
Lion用最新版は 
から、3.04以降を利用できる。

他に同梱されるものは
・TeX Live Utility : パッケージ管理
・TeXworks : エディタ
・LaTeXiT : 数式の画像作成 web/スライドに便利
・BibDesk : 文献ファイル管理
・Excalibur : スペルチェッカ

かつては、個別にインストールしていたものが
一度に導入されるので非常に便利になった！


2. gnuplot
gnuplotは、データ可視化の定番でPostscript出力ができることから
Texとの相性がよい。
スクリプトさえ整えてしまえば、論文用のグラフ作成が半自動化できる。
かつては、X11を使う場合にはX11のターミナルから起動し
macのaquaインターフェースを使う場合には、aqua termをインストールして
さらにgnuplotをソースからコンパイルする必要があった。
（さらにreadlineをソースから入れたりした記憶がある。当時のコンパイルオプションは


./configure --with-aqua --with-x --with-readline=gnu --enable-history
）

Lionでは、64bitコンパイルだとaqua termが動作しないなどの注意が必要なようで
のようにオプションフラグを立てる必要があるらしい。

しかし、コンパイルの必要性は、先のHPC on Mac OS Xでも紹介されている
Octaveによって払拭された。
から、04-21-2011版をダウンロード（120.8MB）し、展開すると
Extrasフォルダに、gnuplot-4.4.3-aqua-i386.dmg が同梱されている。

インストールすると、/Application/Gnuplotに展開され
Launchpadから起動できるaqua-32bitバイナリが利用できる！
バージョンは4.4 patchlevel 3（最新版は4.4 patchlevel 4）だが
ほぼ最新な上に、その昔苦労したファイル名のtab補間も可能で
readlineが有効になっていることが分かる。
（追記：ソフトウェアアップデート後、ライブラリの依存性の問題か、クラッシュするようになった。記事は少し古いが、オルタナティブなインストール法を参考に解決を試みる。
http://www.miscdebris.net/blog/2009/09/16/install-gnuplot-on-mac-os-x/　）

ターミナルから直接呼び出したい場合には、
/Applications/Gnuplot.app/Contents/Resources/bin/gnuplot への
エイリアスやシンボリックリンクを /usr/local/binなどへ貼っておこう。
投稿者 kimi 時刻: 15:14 0 コメント
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開発環境の導入

1. Xcode

Snow Leopardまでは、XcodeがDVDメディアに付属しており
追加インストールをすることができた。

Lionからは、インストールとパッケージ管理が iPhone/iPadの操作感に寄り添いつつあり
App Storeでインストールとアップデートを、Launchpadでアプリケーションの起動を行う。

XcodeはApp Storeからインストールする。
「開発ツール」カテゴリからXcodeを選択し、
1.68GBのダウンロードを待つ。バージョンは4.2.1に上がった。
Tigerでの2.4.1から相当上がった。

2. Fortran

HPC on Mac OS X http://hpc.sourceforge.net/
で配布されているGFortranバイナリを利用する。
（お世話になっていたTiger用のバイナリは配布が終わっていた。。。）
gfortran-lion.tar.gz (gfortran only) をダウンロードし


sudo tar -zxvf gfortran-lion.tar.gz /

/usr/local/bin 以下に展開される。

path設定、vim設定などは旧い環境を見ながら
.bashrc へ書いて行くことを忘れずに。

（追記）

Gamessをコンパイルした際、test setであるexam04などで実行エラーが頻発した。静的リンクされたオブジェクトや数学ライブラリなどの不整合なのかもしれない。
GFortranバイナリの配布先は、本文中のHPC on Mac OS Xの他にもビルドされている。

統計ソフトウェアRの開発用tools http://r.research.att.com/tools/
こちらには、TigerやLeopard用、Xcode用のアドオンまで提供されている。

また、GCC公式サイトからは、様々なビルドが提供されているが、
計算用には上記で紹介したどちらか、またはFink版・Homebrew版がよいように思う。

投稿者 kimi 時刻: 13:42 0 コメント
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セットアップ後、OS Xのダウングレードは可能か

mac mini (Mid2011)は、Snow LeopardとLionの間の時期の製品である。
実勢で5万円を切った背景には、旧OS搭載機の在庫を無くしたいという事情も
あったのではないかと思う。

衝動買いのように購入した結果、届いた製品は
Lionのプリインストール製品。
ACアダプタ内蔵のため、付属品は眼鏡ケーブルとDVI変換アダプタのみ。
パッケージの大きさは、旧mac miniの半分で製品の大きさと比例しているようだ。

開発環境として使うためには、計算nodeと下位互換が必要。
Lion → Leopard
Lion → Snow Leopard
のダウングレードを試すために、FireWire400で新・旧mac miniを接続
command + T でターゲットディスクモードでインストーラを立ち上げる。

。。。
。。
。
インストールは上手くいった？が、通常ブートしない。
ブートローダーがOSのバージョンを見ているのか
カーネルパニックで再起動するしかない状況になる。

あきらめて、残っていたリカバリ領域から（optionキーを押しながらブート）
Lionの再インストールという段階で、インストーラはネットから落とすしか
無いらしいことに気づく。

結果、
4GBのダウングレードと再インストールのために6時間待ってから、
今度こそ、Lionの初期設定に！

投稿者 kimi 時刻: 12:46 0 コメント

macに求める環境

Tiger時代もいまも、mac miniがいくら安価だといっても
事務様式がMicrosoft Office中心であるため
日々の作文環境までmacにすぐに移行することは難しかった。
初期投資には5万に加えて、mac Officeを買うことになる。
Bootcampでデュアルブートする場合は、さらにwindows XPとOffice、
VMwareあるいはParallels Desktop、、、と芋づる式に出費が増える。

必然的に、mac mini (Tiger)の隣には既存のXPノートが並ぶことになった。
またサーバー室にはmacproなどの計算nodeを置く。

mac miniには
・開発環境
・テスト計算
・ssh, X11端末
・プリポスト（input作成支援、計算結果の可視化と分析）
・Tex環境（計算結果の整理）
・XPノートとのキーボード・マウス共有
などで、計算化学の端末機としての役割を求めている。
投稿者 kimi 時刻: 12:16 0 コメント

Lion時代の計算化学環境

intel mac の登場で、計算化学にmacを利用することが容易くなった。


中でも5万円台で購入できるmac miniのシリーズは
安価で省スペースなデスクトップPCとしても、開発環境としても秀逸で
OS X 10.4 (Tiger)時代から使い続けてきた。


しかし
OSが10.5 → 10.6 → 10.7と上がるにつれて、非対応のソフトウェアが増え
バージョンアップ時に切り捨てられることが多くなったこと、
整備済み品ではない新品でも、実勢価格で5万円を切るものが出てきたことから
OSX 10.7 (Lion)へ、思い切って移行することにした。


管理ノートとtipsはGoogle Site (非公開)で細々とつけていたものを
Lion導入に合わせて編集しながら少しずつ公開。ただし
スクリーンショット少なめ、更新遅め、基本的に自分用メモとして。

移行前 intel mac mini 3世代目
  Mid2007 (MB139J/A)
  Tiger 10.4.11
  Core2Duo(2.0GHz) / 120GB / 2GB(1GBx2)
移行後 intel mac mini ユニボディ 2世代目
  Mid2011 (MC815J/A)
  Lion 10.7.2
  Core i5(2.3GHz) / 512GB /4 GB(2GBx2)
投稿者 kimi 時刻: 11:38 0 コメント
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