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2012/03/15

Proxy server経由でのssh接続

macをクライアント機として用いる場合、
インプットをsftpでアップロード
↓
計算サーバにssh接続・ログイン、コマンド実行
↓
処理済みデータをsftpでダウンロード
という流れになる。

macの実体はBSD系Linuxなので、特別なソフトウェアを導入しなくても
ターミナルやX11コンソールからの実行が可能である。
ただし、所属機関のネットワーク環境によってはproxy serverを経由してのssh接続
ポートフォワーディングが必要となってしまう。

WindowsではTera Term(オープンソースになって開発が継続中)やPuTTYなどのターミナルアプリケーションにポートフォワーディング機能が備わっているものがある。

mac標準のターミナルを利用することを前提に、2つの選択肢を示す。
・connect
・corkscrew

1. connect

ftp://ftp.st.ryukoku.ac.jp/pub/security/tool/openssh-supports/connect.c
などからソースをダウンロードし、適当な一時フォルダでコンパイルする。

gcc -o connect connect.c -lresolv
sudo mv connect /usr/local/bin

あとは、~/.ssh/config へホスト名・ポートなど記入すれば
意識せずにポートフォワーディングが利用できる。

参考:http://rewse.jp/blog/p/3196


2. corkscrew



(執筆中)


#. Terminalの環境設定メモ

OSXのbashで、.bashrc を読み込んでくれなかったので、.bash_profileでsourceするように書き加えた。
~/.bash_profile
if [ -f ~/.bashrc ] ; then
. ~/.bashrc
fi

~/.bashrc
export PATH=/usr/local/bin:~/bin:$PATH

2012/01/12

BootCampによるWidonws7デュアルブート

Windowsをインストールする場合には、
・パーティションを切ってデュアルブート(Boot Camp)
・仮想化ソフトウェアの利用(Parallels, VMware, VirtualBox)
の選択肢がある。

Windows OSのライセンスは少なくとも別途購入しなければならないが
なるべく費用を抑えるとなると、Apple純正のBoot CampやオープンソースのVirtualBox
という選択になる。

対応するドライバや、USBサポートなどではAppleのBoot Campに軍配が
上がりそうなのでBoot Campの利用を試みる。
ただし、LionからはWindows 7のみがサポート対象になる。
参考:
http://manuals.info.apple.com/ja_JP/boot_camp_install-setup_10.7_J.pdf

まず、ユーティリティ>Boot Camp アシスタントの起動。
「最新のWindowsサポートソフトウェアをAppleからダウンロード」し、
CD-Rメディア等に焼き付ける。Windows 7のインストール時に必要となる。

続けて、Boot Camp アシスタントから「Windows 7をインストール」
Windows用のパーティションを作成することができる。
デフォルトでは20GBが割り当てられているが、用途によって容量を調節する。
今回は、「均等に分割」オプションを選択した。
Windows 7のインストールCDをマウントするように指示があるので、
Windows 7 professional 64bit版をドライブへ挿入する。

Windows 7のインストールは、ボリュームラベル「BOOTCAMP」へ行う。
未フォーマットのため、NTFSにフォーマットすることが必要。

タイムゾーンがLocal TimeとUTCでずれてしまう問題は、
http://inforati.jp/apple/mac-tips-techniques/windows-hints/how-to-fix-time-zone-problem-of-boot-camp-windows.html
のように、レジストリを変更することで解決する。
あらかじめCD-Rに作成したWindows用サポートソフトウェア・ドライバ(Bootcamp)を
インストールする。

2011/11/28

Windows実機とのキーボード・マウス共用

Windowsの実機を並べて作業する際、
共存のためにディスプレイ・キーボード切替機(KVM)が便利である。

Lionのディスプレイ出力には、thunderboltとHDMIが並んでいるという時代なのに
手元にあるVGAポートしか持たない切替機を通すのは、さすがに気が引ける。
(4ポート DVI接続の切替機は、実勢価格25,000円ほどで購入できる)

Tigerでは、synergyをソースからコンパイルし
LAN経由でキーボード・マウス共有をしていた。
が、Lionでは(MacPorts環境下での)コンパイルに失敗するらしい。
(参考: http://d.hatena.ne.jp/simabuki/20110819/1313730526)

そこで後継のSynergyKMをインストールして、机上の省スペース化を目指す。
http://sourceforge.net/projects/synergykm/ から
SynergyKM-1.0b7-Installer.dmg (2.4 MB)をダウンロード。
RequirementにLionは含まれていなかったが、気にせずインストーラを実行。
"Install Synergy for all users"を選択すると、「システム環境設定」の
その他の項目に表示される。LaunchPadには表示されない。
サーバーとして実行するので、screen nameにmac miniのコンピュータ名を入力、
隣に置いたwindowsノートのコンピュータ名も入力。

windowsクライアントには、QSynergy
http://www.volker-lanz.de/software/qsynergy というGUIがオススメ。
また、mac用キーボードからの日本語入力への切り替え(Ctrl + Space)のために、
CmdSpace http://www.h5.dion.ne.jp/~pollux/
を使用している。

2011/11/25

Tex環境(とgnuplot)

ポストプロセスでデータ分析が終わったら、
そのままTexのTableに落としたいことがある。

できることなら、
そのままシームレスに論文執筆ができればありがたいので
Tex環境は、gnuplotなど可視化ソフトウェアと同じウェイトを占める。

1. Texの導入
Lion用のTexは、MacTex-2011というパッケージで配布されているので
から、MacTeX.mpkg.zip をダウンロード(1.85GB、執筆時の最新バージョンは30 July 2011版)。

インストールすると、本体は/usr/local/texlive に
ghostscript関係は /usr/local/bin に展開される。
/Application/Tex に関連アプリケーションがインストールされ
Launchpad からも起動できるが、
統合環境であるTexShopのバージョンはやや古い2.43である。
Lion用最新版は 
から、3.04以降を利用できる。

他に同梱されるものは
・TeX Live Utility : パッケージ管理
・TeXworks : エディタ
・LaTeXiT : 数式の画像作成 web/スライドに便利
・BibDesk : 文献ファイル管理
・Excalibur : スペルチェッカ

かつては、個別にインストールしていたものが
一度に導入されるので非常に便利になった!


2. gnuplot
gnuplotは、データ可視化の定番でPostscript出力ができることから
Texとの相性がよい。
スクリプトさえ整えてしまえば、論文用のグラフ作成が半自動化できる。
かつては、X11を使う場合にはX11のターミナルから起動し
macのaquaインターフェースを使う場合には、aqua termをインストールして
さらにgnuplotをソースからコンパイルする必要があった。
(さらにreadlineをソースから入れたりした記憶がある。当時のコンパイルオプションは


./configure --with-aqua --with-x --with-readline=gnu --enable-history
)

Lionでは、64bitコンパイルだとaqua termが動作しないなどの注意が必要なようで
のようにオプションフラグを立てる必要があるらしい。

しかし、コンパイルの必要性は、先のHPC on Mac OS Xでも紹介されている
Octaveによって払拭された。
から、04-21-2011版をダウンロード(120.8MB)し、展開すると
Extrasフォルダに、gnuplot-4.4.3-aqua-i386.dmg が同梱されている。

インストールすると、/Application/Gnuplotに展開され
Launchpadから起動できるaqua-32bitバイナリが利用できる!
バージョンは4.4 patchlevel 3(最新版は4.4 patchlevel 4)だが
ほぼ最新な上に、その昔苦労したファイル名のtab補間も可能で
readlineが有効になっていることが分かる。
(追記:ソフトウェアアップデート後、ライブラリの依存性の問題か、クラッシュするようになった。記事は少し古いが、オルタナティブなインストール法を参考に解決を試みる。
http://www.miscdebris.net/blog/2009/09/16/install-gnuplot-on-mac-os-x/ )

ターミナルから直接呼び出したい場合には、
/Applications/Gnuplot.app/Contents/Resources/bin/gnuplot への
エイリアスやシンボリックリンクを /usr/local/binなどへ貼っておこう。

開発環境の導入

1. Xcode

Snow Leopardまでは、XcodeがDVDメディアに付属しており
追加インストールをすることができた。

Lionからは、インストールとパッケージ管理が iPhone/iPadの操作感に寄り添いつつあり
App Storeでインストールとアップデートを、Launchpadでアプリケーションの起動を行う。

XcodeはApp Storeからインストールする。
「開発ツール」カテゴリからXcodeを選択し、
1.68GBのダウンロードを待つ。バージョンは4.2.1に上がった。
Tigerでの2.4.1から相当上がった。

2. Fortran

HPC on Mac OS X http://hpc.sourceforge.net/
で配布されているGFortranバイナリを利用する。
(お世話になっていたTiger用のバイナリは配布が終わっていた。。。)
gfortran-lion.tar.gz (gfortran only) をダウンロードし


sudo tar -zxvf gfortran-lion.tar.gz /

/usr/local/bin 以下に展開される。

path設定、vim設定などは旧い環境を見ながら
.bashrc へ書いて行くことを忘れずに。

(追記)

Gamessをコンパイルした際、test setであるexam04などで実行エラーが頻発した。静的リンクされたオブジェクトや数学ライブラリなどの不整合なのかもしれない。
GFortranバイナリの配布先は、本文中のHPC on Mac OS Xの他にもビルドされている。

統計ソフトウェアRの開発用tools http://r.research.att.com/tools/
こちらには、TigerやLeopard用、Xcode用のアドオンまで提供されている。

また、GCC公式サイトからは、様々なビルドが提供されているが、
計算用には上記で紹介したどちらか、またはFink版・Homebrew版がよいように思う。

Lion時代の計算化学環境

intel mac の登場で、計算化学にmacを利用することが容易くなった。


中でも5万円台で購入できるmac miniのシリーズは
安価で省スペースなデスクトップPCとしても、開発環境としても秀逸で
OS X 10.4 (Tiger)時代から使い続けてきた。


しかし
OSが10.5 → 10.6 → 10.7と上がるにつれて、非対応のソフトウェアが増え
バージョンアップ時に切り捨てられることが多くなったこと、
整備済み品ではない新品でも、実勢価格で5万円を切るものが出てきたことから
OSX 10.7 (Lion)へ、思い切って移行することにした。


管理ノートとtipsはGoogle Site (非公開)で細々とつけていたものを
Lion導入に合わせて編集しながら少しずつ公開。ただし
スクリーンショット少なめ、更新遅め、基本的に自分用メモとして。

移行前 intel mac mini 3世代目
  Mid2007 (MB139J/A)
  Tiger 10.4.11
  Core2Duo(2.0GHz) / 120GB / 2GB(1GBx2)
移行後 intel mac mini ユニボディ 2世代目
  Mid2011 (MC815J/A)
  Lion 10.7.2
  Core i5(2.3GHz) / 512GB /4 GB(2GBx2)