Parallels Desktop

 Mac OSX 環境で完結させるべきところ、どうしてもWindows環境が
必要なときがある。Parallels Desktop 16 の永久ライセンス版(Retail box) には
Windows10の評価版が付いてくる：通常インストール後にamazon等で
ライセンス購入すればよい。

そのほかの環境設定

・Macbook pro USキーボードの場合に、Windows側でキーボードレイアウトの変更が必要となるため、設定変更・再起動すること
https://inoccu.com/blog/2020/07/26/144429.html

（追記）

M1 (ARM32） Macbook Pro のParallels 16.5 (Retail box) 環境で、Windows10 preview / Windows 11 の動作を確認。ただし、Windows 11 は、ISOイメージをローカルでビルドしてTPM 2.0チェックを乗り越える必要あり。

可視化ソフトウェア の導入と連携(2)

可視化ソフトウェアの環境整備にあたって、なるべく自動化をはかる。
Homebrewから、scienceレポジトリがアーカイブ化されたばかりで
最新情報は少ない。brewsci/scienceレポジトリに収録されているGUIの導入を試みる。

Jmol、Gabedit、Moldenの３種、コンバータとしてopenbabelの存在確認したが、いずれもターミナルから実行するものなのでbrew cask で管理されない。Avogadro 2は、brew caskからインストール可能で、これらに比較するとずっとカジュアルだ。
なお、moldenはバイナリインストールとソース・ビルドは失敗し、openbabelとgabeditはうまくいった。

• Jmol 14.x のインストール（Homebrewレポジトリの有効化、brew cask からの JDK導入→jmol）

brew tap brewsci/science 

brew install openjdk

brew install jmol 

• openbabel 3.x のインストール

brew install open-babel

• Gabedit 2.5.x のインストール

brew install gabedit 

• wxMacmolplt 7.x のインストール

brew install wxmacmolplt 

Homebrewだけでは対応が難しいので、GAMESSのために、wxMacMolPlt、Moldenの手動インストールをしておく。論文用にたえうる解像度のファイル作成のためには、GaussViewを加えてこの３種があればなんとかなるだろう。

• wxMacMolPlt のインストール → homebrew でのインストールが可能になった

1. http://brettbode.github.io/wxmacmolplt/
2. 64bit または 32bitバイナリを選択 (Mojaveまでは、32bitが利用可能）

• Molden のインストール → molden 5.7 (stable) は homebrew (brewsci/scienceレポジトリ) が対応しているが、最新版のインストールは以下の手順で

1. https://www3.cmbi.umcn.nl/molden/  https://www.theochem.ru.nl/molden/ 
2. molden6.9 の tar ballを入手 (FTP https://ftp.science.ru.nl/Molden/ から入ると、7.xのソース、7.xのMacOSX_fullバイナリが入手可能）
3. 任意の場所で回答し、PATHに追加

Mojave時代の計算化学環境

2019年も終わりに近づき、32bitネイティブアプリが使える最後の世代の
Mojaveが安定してきたところでの記事更新。MacBook Proを更新しました。

OSXの変遷は Lion → Snow Leopard → El Capitan → Mojave
MacBook Proは４台目、こっそりMac miniも更新しています。

環境構築は、homebrew cask 一択になりつつも、
開発環境は定まりません。すっかり文房具になってしまいました。

MacBook Pro (13-inch, Late2011)

CPU: 2.4GHz Core i5

Memory: 8GB

↓

MacBook Pro (13-inch, Mid2012)

CPU: 2.5GHz Core i5

Memory: 16GB (upgraded)

↓
MacBook Pro (Retina, 13-inch, Early2015)
CPU: 3.1 GHz Intel Core i7
Memory: 16GB DDR3
↓
MacBook Pro (13-inch, 2019, Four Thunderbolt 3 ports)
CPU: 2.8 GHz Intel Core i7
Memory: 16GB 2133 MHz LPDDR3

可視化ソフトウェア の導入と連携(1)

計算後の可視化には、構造、電荷・双極子モーメント、分子軌道・自然軌道、電子密度・密度解析・静電ポテンシャルマップなど、分子物性の把握に必要で、プリポスト処理を兼ねることが多い。

プリポスト処理として、すべての機能を満たすツールは少ないので、ツール群の組み合わせやシェルスクリプトでのデータ整形が基本である。

・事前準備

xcode-select --install

http://brew.sh/ からワンライナー・インストール

・PyMOL
https://qiita.com/Ag_smith/items/58e917710c4eddab46ee
を参考に

PyMOL オープンソース版　https://sourceforge.net/projects/pymol/

依存パッケージ群
glew freeglut python3.6 libpng tcl-tk pmw freetype2 libxml2 msgpack
をインストール
homebrew からscienceパッケージが削除されたため

brew tap brewsci/core

などの点だけ注意。Open-Source PyMOL が動作する。

• PyMOL - molecular orbital https://yoshitakamo.github.io/pymol-book/ch05/gaussian.html

・AIMALL
'Atoms in Molecule"（分子内原子の方法）と呼ばれる、電荷密度勾配の可視化手法をツールとして提供している。

AIMALL Standard版 http://aim.tkgristmill.com/index.html
氏名・所属機関・本文を記入するとライセンスが送られてくる。
最新の64bit バイナリ・インストールすると、/AIMAll に実行ファイルが
インストールされる。無料のStandard版では、12原子以上・400 primitive basis set 以上は実行できない。

・そのほかの可視化ソフトウェア　一覧

https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_molecular_graphics_systems

El Capitan時代の計算化学環境

旧記事ではmacmini + OSX (Lion)の環境構築を記録したが、
MacBook Proの軽量化とOSXが El Capitanで安定してきたので
順次、刷新予定。

この３年での環境の移り変わりは以下。Lion → Snow Leopard → El Capitan
というように変遷してきてます。

MacBook Pro Late2011-13inch

CPU: 2.4GHz Core i5

Memory: 8GB

↓

MacBook Pro Mid2012-13inch

CPU: 2.5GHz Core i5

Memory: 16GB (upgraded)

↓
MacBook Pro (Retina, 13-inch, Early2015)
CPU: 3.1 GHz Intel Core i7
Memory: 16GB DDR3

Proxy server経由でのssh接続

macをクライアント機として用いる場合、
インプットをsftpでアップロード
↓
計算サーバにssh接続・ログイン、コマンド実行
↓
処理済みデータをsftpでダウンロード
という流れになる。

macの実体はBSD系Linuxなので、特別なソフトウェアを導入しなくても
ターミナルやX11コンソールからの実行が可能である。
ただし、所属機関のネットワーク環境によってはproxy serverを経由してのssh接続
ポートフォワーディングが必要となってしまう。

WindowsではTera Term（オープンソースになって開発が継続中）やPuTTYなどのターミナルアプリケーションにポートフォワーディング機能が備わっているものがある。

mac標準のターミナルを利用することを前提に、２つの選択肢を示す。
・connect
・corkscrew

1. connect

ftp://ftp.st.ryukoku.ac.jp/pub/security/tool/openssh-supports/connect.c
などからソースをダウンロードし、適当な一時フォルダでコンパイルする。

gcc -o connect connect.c -lresolv
sudo mv connect /usr/local/bin

あとは、~/.ssh/config　へホスト名・ポートなど記入すれば
意識せずにポートフォワーディングが利用できる。

参考：http://rewse.jp/blog/p/3196

2. corkscrew

(執筆中)

#. Terminalの環境設定メモ

OSXのbashで、.bashrc を読み込んでくれなかったので、.bash_profileでsourceするように書き加えた。

~/.bash_profile

if [ -f ~/.bashrc ] ; then
. ~/.bashrc
fi

~/.bashrc

export PATH=/usr/local/bin:~/bin:$PATH

BootCampによるWidonws7デュアルブート

Windowsをインストールする場合には、
・パーティションを切ってデュアルブート（Boot Camp）
・仮想化ソフトウェアの利用（Parallels, VMware, VirtualBox）
の選択肢がある。

Windows OSのライセンスは少なくとも別途購入しなければならないが
なるべく費用を抑えるとなると、Apple純正のBoot CampやオープンソースのVirtualBox
という選択になる。

対応するドライバや、USBサポートなどではAppleのBoot Campに軍配が
上がりそうなのでBoot Campの利用を試みる。
ただし、LionからはWindows 7のみがサポート対象になる。
参考：
http://manuals.info.apple.com/ja_JP/boot_camp_install-setup_10.7_J.pdf

まず、ユーティリティ＞Boot Camp アシスタントの起動。
「最新のWindowsサポートソフトウェアをAppleからダウンロード」し、
CD-Rメディア等に焼き付ける。Windows 7のインストール時に必要となる。

続けて、Boot Camp アシスタントから「Windows 7をインストール」
Windows用のパーティションを作成することができる。
デフォルトでは20GBが割り当てられているが、用途によって容量を調節する。
今回は、「均等に分割」オプションを選択した。
Windows 7のインストールCDをマウントするように指示があるので、
Windows 7 professional 64bit版をドライブへ挿入する。

Windows 7のインストールは、ボリュームラベル「BOOTCAMP」へ行う。
未フォーマットのため、NTFSにフォーマットすることが必要。

タイムゾーンがLocal TimeとUTCでずれてしまう問題は、
http://inforati.jp/apple/mac-tips-techniques/windows-hints/how-to-fix-time-zone-problem-of-boot-camp-windows.html
のように、レジストリを変更することで解決する。
あらかじめCD-Rに作成したWindows用サポートソフトウェア・ドライバ（Bootcamp）を
インストールする。